天津医科大学基础医学院杨扬教授课题组最近报道了人和小鼠中不同细胞类型特异性的选择性多聚腺苷酸化（Alternative polyadenylation，简称APA）数据库scAPAatlas，相关研究成果发表在Nucleic Acids Res，题为scAPAatlas: an atlas of alternative polyadenylation across cell types in human and mouse。
APA是真核基因初始转录产生的前体mRNA加工成熟过程中一种重要的转录后调控机制。大多数哺乳动物前体mRNA都具有多个多聚腺苷酸化位点，选择不同的位点可以使单个基因产生不同的转录本，进而可能行使不同的生物学功能。研究表明，APA在许多生物学过程中都发挥着重要的调控作用，诸如胚胎发育、细胞分化、神经元活性以及免疫应答等。近年来，逐步完善的单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）为从单细胞水平深入研究APA调控模式提供了契机。
杨扬教授课题组前期通过开发基于scRNA-seq数据进行APA分析的生物信息学方法，并对小鼠GABA能中间神经元的APA特异性调控模式进行了探索，相关成果于2021年7月发表在BMC Biol上。在此基础上，他们通过搜集人和小鼠正常组织的scRNA-seq数据，绘制了涵盖人类的24种组织器官/小鼠的25种组织器官中不同细胞类型的APA图谱，系统地分析了细胞类型特异性的APA调控模式，深入地探索了APA关联的转录后调控过程，并开发了scAPAatlas数据库可供用户检索、下载以及可视化等。该研究为探索不同细胞类型的APA调控模式提供了丰富资源，助力于阐释APA在不同生物学过程中的功能。
该项工作由天津医科大学杨扬教授课题组完成，杨扬教授为论文通讯作者，天津医科大学2020级硕士生杨晓晓、童杨、刘格睿为论文共同第一作者。此外，该工作还得到了中国医学科学院血液病医院（中国医学科学院血液学研究所）原佳沛副研究员的大力帮助。该研究得到了国家自然科学基金项目、天津医科大学基础医学卓越人才计划等资助，同时也得到医学表观遗传学省部共建协同创新中心、天津市炎症生物学重点实验室、天津市医学表观遗传学重点实验室的支持。
作者介绍
杨 扬
天津医科大学基础医学院教授，卓越人才计划PI，博士生导师；长期致力于开发具有创新性的生物信息学方法，并将之应用于高通量组学数据的分析和整合，从而挖掘和揭示生物学过程中重要的调控过程，进而应用于人类重大疾病相关精准医学研究中，研究成果发表在Nature Communications，Nucleic Acids Research，BMC Biology等期刊上。
供稿 | 科学技术处 人事处
编辑 | 韩翠玥