临床药学系建于2013年，由原临床药学教研室和生物制药教研室组成。学系教师为天津市创新人才推进计划重点领域“分子靶向药物研究创新团队”与天津市“一带一路”联合实验室-天医分子靶向抗癌药物中埃联合研究中心核心成员，现有教师12人，其中教授4人，副教授6人，讲师2人。其中，博导4人，硕导6人。天津市特聘教授1人，天津市高校药学学科领军人才1人、优秀青年教师1人，天津市创新人才推进计划青年科技优秀人才1人，天津医科大学优秀教师2人，天津医科大学卓越教师2人。学系主任孔德新教授为天津市特聘教授，天津市“分子靶向药物研究创新团队”与天津市“一带一路”联合实验室负责人，兼任中国抗癌协会抗癌药物专委会副主委、中国药理学会肿瘤药理学专委会副主委。张骏老师为学系副主任。

学系承担《临床药理学》、《临床药物治疗学》、《药物分子生物学与技术》、《生物医药前沿》、《生物制药》、《药学英语》、《药事管理学》、《药学信息检索与利用》、《药物毒理学》、《临床药代动力学》等课程，授课对象包括研究生、本科及专科三个层次。《临床药理学》是天津医科大学校级精品课程。此外，学系教师还承担了临床药学专业建设、市教委重点教学改革研究项目、学校各级教学改革课题等，主编教材4部，副主编教材5部，参编教材及论著18部。学系有天津市临床药学教学团队和天津市药物治疗学与临床药理学教学团队。

 学系主要研究方向为分子靶向药物的研发及精准药学研究；天然药物研究；脑缺血再灌注、脑出血引发的神经损伤机制研究；生物大分子递送系统研究、药物代谢动力学研究；临床药学及临床药理学等。

学系近年来承担国家自然科学基金国际合作项目3项，面上项目9项，青年项目6项；主持天津市重大研发计划项目1项、天津市自然科学基金项目4项；中国博士后科学基金项目7项，并获得教育部、日本学术振兴会、天津市教委、企业横向课题等多项基金资助。发表科研论文140余篇，其中SCI论文110余篇，发表于Signal Transduct Target Ther、Mol Cancer、Adv Sci、Drug Resist Updat、J Exp Clin Cancer Res、Chem Eng J、Cell Death Dis等国际学术期刊。近年来培养研究生获得国家奖学金、天津市优秀学生、天津医科大学优秀研究生、优秀研究生干部、优秀毕业生、优秀毕业论文等。1名研究生在2023年第三届全国药学研究生学术研讨会中获得优秀报告奖。指导本科生大学生创新创业训练计划国家级项目7项，2019年指导本科生获全国药苑论坛一等奖（药理学组第一名）。

 学系与国内外许多研究机构保持长期合作关系，包括北京大学药学院、军事科学院军事医学研究院、中国医学科学院生物医学工程研究所、中国医学科学院放射医学研究所、山东大学药学院、美国St. Johns University、美国MD Anderson Cancer Center、以色列Ben-Gurion University of the Negev、日本癌研究会、埃及Ain Shams University等。